जनुकीय बदल करताना योग्य तो जनुक बाहेरून गुणसूत्रामध्ये निवेशित करता (घुसविता) येतो. यात प्रथम निवेशित करावयाच्या जनुकातील डीएनएचे योग्य तुकडे करतात. विशिष्ट प्रकारांनी केलेले हे तुकडे प्रतिबंधित संप्रेरकांच्या साहाय्याने दुसऱ्या (लक्ष्य) डीएनएच्या रेणूमध्ये घुसविले जातात. अशा रीतीने तयार झालेल्या व नवीन रचना असलेल्या डीएनएला पुन:संयोजी डीएनए (रिकाँबिनंट डीएनए) म्हणतात. यादवारे एका सजीवातील चांगल्या गुणवैशिष्टयाचा जनुक विशिष्ट माध्यमाच्या मदतीने दुसऱ्या सजीवामध्ये घातला जातो. त्यामुळे दुसऱ्या (लक्ष्य) सजीवाचा जीनोम बदलला जातो. त्याचबरोबर अपेक्षित जनुक नव्या सजीवामध्ये योग्य ते गुणधर्म प्रकट करतो. पुन:संयोजी डीएनए प्रक्रियेत कणबंदूक (पार्टीकल गन) तंत्र किंवा ॲग्रोबॅक्टेरियम ट्युमेफेसिएन्स जीवाणू वापरून उत्परिवर्तन घडवून आणले जाते.
कणबंदूक तंत्रात सोने किंवा टंगस्टन याचे लहान कण डीएनएच्या तुकड्याला जोडून वनस्पतीच्या पेशीमध्ये घुसविले जातात. वेगाने आत शिरणारे हे कण पेशीभित्तिका तसेच पेशीपटल पार करून केंद्रकात पोहोचतात. त्यानंतर सोने किंवा टगस्टन या धातूच्या कणांपासून डीएनए समाविष्ट होतो. मात्र, या पद्धतीत लक्ष्य पेशीची हानी होण्याची शक्यता जास्त असते. गहू, मका यांसारखी एकदालीकीत जनुकीय परिवर्तित पिके या पद्धतीने तयार केली गेली आहेत.
दुसऱ्या तंत्रात ॲग्रोबॅक्टेरियम ट्युमेफेसिएन्स जीवाणू वापरतात. येथे जीवाणू हा वाहक म्हणून काम करतो. हे जीवाणू वनस्पतींच्या मुळांमध्ये शिरून तेथे मोठी गाठ तयार करतात. जेव्हा हे जीवाणू वनस्पतीच्या मुळात शिरतात तेव्हा गाठ तयार करणारा जीवाणूंमधील जनुक स्वत:च्या डीएनएचा वर्तुळाकार (टी-डीएनए) तुकडा (प्लास्मिड जनुक) मुळाच्या पेशीच्या डीएनएमध्ये स्वैरपणे घुसवतो. या गुणधर्माचा उपयोग करून जनुकीय अभियांत्रिकीमध्ये जीवाणूमधील टी-डीएनए काढून टाकून त्या जागी इच्छित जनुक बसविला जातो. येथे जीवाणू हा वाहक म्हणून काम करतो. ही पद्धत तंबाखू, टोमॅटो, वांगे व बटाटा यांसारख्या व्दिदलिकित वनस्पतींमध्ये यशस्वी झाली आहे. प्राणी आणि वनस्पती पेशींच्या रूपांतरणासाठी आणखी एक पद्धत वापरतात. या पद्धतीला विद्युतरंध्रीकरण (इलेक्ट्रोपोरेशन) म्हणतात. या पद्धतीत प्राणी किंवा वनस्पती पेशींना विजेचा धक्का देतात. त्यामुळे पेशीपटल विदरले जाऊन प्लास्मिड जनुक आत शिरते.
कृषिक्षेत्रात जनुक अभियांत्रिकीचे तंत्र वापरून नवीन पिकांची निर्मिती केली जात आहे. ही पिके रोग आणि तण यांचा प्रतिबंध करणारी असावीत, जास्त उत्पन्न देणारी असावीत आणि त्यांचा उत्पादन खर्च कमी असावा हा यामागील हेतू आहे. तसेच नवीन पिके अधिक पोषणमूल्ये असलेली आणि मोठया प्रमाणात उपलब्ध व्हावीत, हाही हेतू त्यामागे आहे. उदा., प्रथिने निर्माण करणारे बटाटा व भात यांचे वाण. या पिकांत माशांच्या किंवा डुकरांच्या शरीरातील प्रथिने तयार करणारी काही जनुके घालण्यात आली आहेत. (पहा : जनुकीय परिवर्तित पिके).
कृषिक्षेत्राबरोबर जनुकीय अभियांत्रिकी तंत्राचा उपयोग वैदयकीय आणि औदयोगिक क्षेत्रांत करण्यात येत आहे. वैद्यकीय क्षेत्रात या तंत्राचा उपयोग मानवाच्या काही रोगांवर उपचार करण्यासाठी होत आहे.स्वादुपिंडाच्या बिघाडामुळे इन्शुलिनाची निर्मिती अनियमित होते. त्यामुळे रक्तातील ग्लुकोजची पातळी नियंत्रित होत नाही आणि मधुमेहासारखा विकार जडतो. अशा वेळी मधुमेहाच्या रुग्णाला बाहेरून इन्शुलीन पुरवावे लागते. इन्शुलीन कृत्रिम रीत्या तयार करण्यासाठी पुन:संयोजी डीएनए तंत्राचा वापर केला जातो. असाच वापर करून इंटरफेरॉन या प्रथिनांची निर्मिती करण्यात येते. जीवाणूंचा वा विषाणूंचा संसर्ग झाल्यास शरीरात प्रतिकारासाठी इंटरफेरॉन ही प्रथिने निर्माण होतात. ती बाहेरून पुरवठा केल्यास रोग लवकर बरा होतो. इन्शुलीनखेरीज मानवी वाढीची संप्रेरके, वंध्यत्वावर उपचार करणारी औषधे, मानवी अल्ब्युमीन, रक्त गोठविणारे प्रथिन, काही लशी आणि औषधे तयार करण्यासाठी या तंत्राचा वापर करतात. मानवी रोग असलेल्या प्राण्यांच्या प्रतिकृती निर्माण करण्यासाठीही हे तंत्र वापरतात. कर्करोग, लठ्ठपणा, हृदयविकार, मधुमेह, संधिवात, कंपवात इत्यादी मनुष्याला होणाऱ्या रोगांचा अभ्यास करण्यासाठी जनुकीय परिवर्तित प्राण्यांचा विशेषेकरून उंदरांचा वापर करण्यात येतो.
विशिष्ट जनुकांचे कार्य समजून घेण्यासाठी सजीवांतील जनुकांवर विविध प्रकारचे संशोधन करण्यात येते. यात एखादया जनुकाअभावी सजीवांमध्ये कोणकोणती कार्ये घडून येत नाहीत किंवा सजीवात एखादे नवीन जनुक निवेशित केले असता कोणते कार्य घडून येते आणि विशिष्ट प्रथिने कधी आणि कोठे तयार होतात अशाही प्रकारचे संशोधन करण्यात येते.
औषधनिर्मितीखेरीज अन्य क्षेत्रांत जनुकीय अभियांत्रिकी तंत्राचा वापर केला जातो. तेलवाहू जहाजातून तेलगळती झाल्यास समुद्राच्या पाण्याच्या पृष्ठभागावर तेलाचा तवंग पसरतो. त्यामुळे समुद्रातील पर्यावरणावर दुष्परिणाम होऊ शकतो. यावर उपाय म्हणून तेलाचे विघटन करणारे जनुकीय परिवर्तित जीवाणू भारतीय वैज्ञानिकांनी तयार केले आहेत.
संश्लेषित जीवविज्ञान या ज्ञान शाखेत जनुकीय अभियांत्रिकीच्या मदतीने सजीवांतील कच्चा माल वापरून कृत्रिम रीत्या सजीवांच्या शरीरात नवीन जैविक पदार्थ निर्माण केले जातात.
