नैसर्गिक पर्यावरणाची गुणवत्ता कायम राखण्यासाठी विज्ञान, तंत्रज्ञान आणि अभियांत्रिकी शाखेतील तत्त्वांचे शास्त्रशुद्ध उपयोजन म्हणजे पर्यावरण अभियांत्रिकी होय. मनुष्य आणि इतर सजीवांच्या उपयोगासाठी स्वच्छ हवा, भूमी व इतर नैसर्गिक संसाधने उपलब्ध करून देणे आणि पर्यावरणाची गुणवत्ता कायम राखून शाश्वत विकासाचा मार्ग प्रशस्त करणे, हे पर्यावरण अभियांत्रिकीचे प्रमुख उद्दिष्ट आहे. टाकाऊ पदार्थांचे व्यवस्थापन, पुनर्वापर, चक्रीकरण, किरणोत्सारी व इतर प्रकारच्या प्रदूषणांपासून संरक्षण, औद्योगिक सुरक्षा आणि बांधकाम तसेच इतर कामांचा पर्यावरणावर होणाऱ्या परिणामांचा अभ्यास इत्यादी बाबींचा समावेश पर्यावरण अभियांत्रिकीमध्ये होतो.
जनस्वास्थ्य अभियांत्रिकी या विषयावरून पर्यावरण अभियांत्रिकी हा विषय विकसित करण्यात आला आहे. १९५० मध्ये लंडन येथे जोसेफ बझलगेट यांनी पाण्यातून होणाऱ्या आजारांना प्रतिबंध घालण्यासाठी मलनि:सारण प्रणाली तयार केली. तेव्हापासून पर्यावरणाचे संधारण करण्यासाठी पर्यावरण अभियांत्रिकी हा विषय महत्त्वाचा ठरला आहे.
घातक कचऱ्याचे व्यवस्थापन, तो कचरा नष्ट करणे किंवा त्यावर प्रक्रिया करून त्याचा उपयोग करणे, पाणीपुरवठा योजना तयार करणे, औद्योगिक कचरा आणि सांडपाण्याच्या चक्रीकरणाकरिता प्रगत तंत्रज्ञानाचा वापर करून संयंत्र उभारणे, टाकाऊ पदार्थांचे रासायनिक विश्लेषण करून त्यातील घातक रसायनांची विल्हेवाट लावणे, तसेच जागतिक स्तरावरील प्रगत तंत्रज्ञानाचा उपयोग करून जनव्यवस्था सुरक्षित ठेवण्यासाठी उपाययोजना करणे इत्यादी महत्त्वपूर्ण बाबी पर्यावरण अभियांत्रिकीमध्ये समाविष्ट आहेत.
पर्यावरणाची गुणवत्ता टिकवून ठेवण्यासाठी आधुनिक तंत्रज्ञानाचा उपयोग करून नवीन संयंत्रांची रचना करून त्यांची स्थापना करण्यासाठी व कमीत कमी खर्चात जनस्वास्थ्यास कल्याणकारी ठरतील, असे प्रकल्प उभारताना पर्यावरण अभियांत्रिकीचा आधार घेतला जातो.
भारतात नागपूर येथे राष्ट्रीय पर्यावरण अभियांत्रिकी संशोधन संस्था (NEERI; नॅशनल एन्व्हाइरन्मेन्ट एंजिनियरिंग रिसर्च इन्स्टिटयूट) असून तेथे पुढील बाबींसंबंधी विशेष कार्य केले जात आहे : (१) पर्यावरण पर्यवेक्षण, (२) पर्यावरण जैवप्रौद्योगिकी, (३) घन आणि धोकादायक अपशिष्ट व्यवस्थापन, (४) पर्यावरणीय प्रणाली अनुकूलन, (५) पर्यावरणीय प्रभाव व जोखीम मूल्यमापन आणि (६) पर्यावरण नीती विश्लेषण. लोकांची आरोग्यसुरक्षा व पर्यावरणाचे जतन या दृष्टीने पर्यावरणीय अभियांत्रिकी ही ज्ञानशाखा महत्त्वाची आहे.