कृषी व्यवसायाशी संबंधित असलेल्या निरनिराळ्या कार्यांमुळे उद्‍भवणारे कृषी क्षेत्रातील पर्यावरणाचे मानव व इतर सजीवांस अपायकारक असणारे प्रदूषण, म्हणजे कृषी प्रदूषण. कृषी व्यवसायात बी-बियाणे, पाणी, खते, कीटकनाशके, मानवी श्रम आणि ऊर्जा यांचा उपयोग केला जातो. शेती वेगवेगळ्या पद्धतींनी केली जाते. काही शेतकरी वर्षातून तीन पिके घेतात, तर काही शेतकरी जमिनीचा कस सुधारण्यासाठी काही काळ जमीन पडीक ठेवतात. कृषी व्यवसायामुळे अन्नधान्य, फळे व भाज्या इ. उत्पादन मिळते; परंतु शेतीचे काही अनिष्ट परिणामसुद्धा दिसून येतात. शेतीमुळे टाकाऊ पदार्थांची निर्मिती होते. त्यांना कृषी अपशिष्टे म्हणतात. तेलबियांच्या रोपांतील बियांचा उपयोग होतो; परंतु झाडांच्या फांद्या व मुळे यांचा प्रत्यक्ष उपयोग होत नाही. त्यामुळे तो भाग टाकून द्यावा लागतो. उत्पादन प्रक्रियेमुळे ही काही अपशिष्टे निर्माण होतात.
जमिनीची सुपीकता वाढविण्यासाठी सेंद्रिय खते व रासायनिक खते वापरली जातात. सेंद्रिय खते ही नैसर्गिक खते असतात. ती जैवविनाशी घटकांपासून तयार झालेली असतात. परंपरागत शेती पद्धतीत सेंद्रिय खतांचा वापर केला जातो. रासायनिक खतांत प्रामुख्याने रसायनांचा वापर केला जातो. आधुनिक शेतीत या खतांचा भरपूर प्रमाणात वापर केला जात आहे. त्यामुळे पर्यावरणावर गंभीर स्वरूपाचे परिणाम होत आहेत. पिकांसाठी वापरलेल्या एकूण खतांपैकी ६०% भाग रोपांकडून शोषला जातो. उरलेला भाग जमिनीत तसाच साचून राहतो. नंतर तो डबकी, तळी, नद्या यांच्या पाण्यात मिसळतो. पाण्यात मिसळलेल्या रासायनिक खतांमुळे शैवालांची वाढ वेगाने होते. शैवालांद्वारे उत्पादित झालेल्या विषारी द्रव्यांमुळे मासे मरतात व माणसांनादेखील आजार होतात. काही भागातील भूजलात या खतांची विषारी द्रव्ये मिसळतात. असे प्रदूषित पाणी पिण्यासाठी वापरल्यास आरोग्यास धोका संभवतो. या खतांमुळे नायट्रोजन वायू बाहेर पडतो. त्यामुळे धातुजन्य विषारी द्रव्यांचा हवेत फैलाव होतो. जमिनीत साचलेली खते हवेत पसरतात व हवा प्रदूषित होऊ शकते.
पिकांचा नाश करणार्‍या काही घातक किडी व कीटकांचा नायनाट करण्यासाठी कीटकनशके वापरतात. काही वेळा शेतातील कीटकनाशके पावसाच्या पाण्याबरोबर वाहून झरे व तळ्यांच्या पाण्यात मिसळतात. अशा प्रदूषित पाण्याचा वापर केल्यास ते लोकांना घातक ठरू शकते. कीटकनाशके माणसांच्या त्वचेतून, डोळ्यांतून किंवा नाकातोंडातून शरीरात प्रवेश करू शकतात. त्यांच्यामुळे डोळ्यांची जळजळ व इतर दृष्टिविकार होण्याची शक्यता असते. दीर्घकाळ त्यांच्या सान्निध्यात राहणार्‍या लोकांना थकवा येणे, वेदना होणे व चक्कर येणे असे विकार होऊ शकतात. ती इतर प्राणी व सजीवांसाठीदेखील धोकादायक ठरतात. ती तळ्याच्या व नंद्याच्या पाण्यात मिसळल्यास त्यांतील मासे मरतात. शेतीला उपयुक्त असलेली गांडुळेदेखील त्यांच्यामुळे मरतात.
कृषी प्रदूषणाला प्रतिबंध घालण्यासाठी सेंद्रिय व नैसर्गिक शेतीचा पर्याय सुचविला जातो. भारतातील काही राज्यांत, विशेषत: महाराष्ट्रात प्रायोगिक तत्त्वावर सेंद्रिय शेती केली जात आहे. सदर शेतीस केंद्र शासन व महाराष्ट्र शासन प्रोत्साहन देत आहे.
