निर्जंतुकीकरण म्हणजे सर्व सूक्ष्मजीव (उदा., विषाणू, जीवाणू, आदिजीव, कवक व कवक-बीजाणू हे सर्व) किंवा एकेकटे नष्ट करण्याची कोणतीही पद्धत. असे सूक्ष्मजीव पृष्ठभागावर द्रवामध्ये, औषधामध्ये किंवा वृद्धिमिश्रणामध्ये असू शकतात. निर्जंतुकीकरण अनेक पद्धतींनी करतात.
अन्न टिकवून ठेवायचे असल्यास त्याचे निर्जंतुकीकरण केले पाहिजे हे फ्रेंच शेफ निकोलस अॅपर्ट याने दाखवून दिले. जेली, फळांचे रस व मुरंबे यांच्या काचेच्या बाटल्या तो उकळत्या पाण्यात बुडवून ठेवी आणि त्या गरम असताना त्यांची तोंडे बुचाने बंद करून त्यावर गरम मेणाचा थर देई. अन्नप्रक्रिया उद्योगात आता त्याच पद्धतीचा व्यावसायिक उपयोग करून घेतला जातो. शस्त्रक्रियेसाठी लागणारी उपकरणे निर्जंतुक करण्याची पद्धत जोसेफ लिस्टर याने शोधून काढल्यानंतर शस्त्रक्रियेच्या वेळी आणि नंतर संसर्ग होऊन रुग्णाचा मृत्यू होण्याचे प्रमाण लक्षणीय रीत्या कमी झाले. कोणतीही जखम शरीरात करावयाची असल्यास जखमेतून होणारा संसर्ग टाळण्यासाठी किंवा शरीरात जी लवण द्रावणे किंवा औषधे शिरेवाटे देण्यात येतात ती निर्जंतुक करण्यात येतात. याशिवाय पेसमेकर, कृत्रिम झडपा, अस्थिभंग झाल्यानंतर हाडे जुळविण्यासाठी वापरण्यात येणारे धातूचे भाग आणि कृत्रिम वाहिन्या ‘स्टेंट’ शस्त्रक्रियेच्या वेळी शरीरात कायमचे घालण्यात येणारे भाग निर्जंतुक असतात.
निर्जंतुकीकरण आणि जंतुविरहित करणे या दोन्ही संज्ञा समान नाहीत. निर्जंतुकीकरण म्हणजे सूक्ष्मजीवांना नष्ट करणे. निर्जंतुकीकरणासाठी उष्णता, रसायने आणि विकिरण पद्धतींचा सामान्यपणे वापर केला जातो. जंतुविरहित करणे म्हणजे सूक्ष्मजीवांचे प्रमाण कमी करणे. उदा., जंतुनाशक साबणाने हात धुणे म्हणजे त्वचेवरील सूक्ष्मजीवांचे प्रमाण कमी करणे.
सर्वाधिक निर्जंतुकीकरण उष्णतेच्या वापराने करण्यात येते. उकळत्या पाण्यापेक्षा अधिक तापमानास व १.५ वातावरणीय दाबाखाली बहुतेक जीवाणू नष्ट होतात. उष्णता वापर पद्धतींचे आता प्रमाणीकरण करण्यात आले आहे. शस्त्रक्रियेसाठी वापरण्यात येणारी उपकरणे, बांधपट्टा (बँडेजेस्) कापूस, कपडे, हातमोजे आणि मुखाच्छादन (मास्क) ऑटोक्लेव्ह उपकरणात ठेवून निर्जंतुक केले जातात. उष्ण वाफेच्या साहाय्याने (१२१०–१३४० से.) ऑटोक्लेव्हमध्ये निर्जंतुक करण्याच्या वस्तू कमीत कमी १५ मिनिटे ठेवतात. काही पदार्थ आणि उपकरणे निर्जंतुक करण्यासाठी ती कापडात गुंडाळून अधिक वेळ ऑटोक्लेव्हमध्ये ठेवण्याची पद्धत आहे. आतील हवेचा दाब वाढविल्यास कमी वेळात निर्जंतुकीकरण करता येते. याला प्रेशर ऑटोक्लेव्ह म्हणतात. ऊतीसंवर्धनासाठी वापरण्यात येणारी सर्व उपकरणे व वृद्धिमिश्रणे वेगळ्या ऑटोक्लेव्हमध्ये ठेवावी लागतात. वाफेशी किंवा पाण्याशी संपर्क टाळण्यात येणाऱ्या वस्तू कोरड्या उष्णतेने निर्जंतुक करतात. सूक्ष्मजीवशास्त्र प्रयोगशाळेत संवर्धन (कल्चर) अगार (Agar agar) बशीवर अंत:क्रमित (इनॉक्युलेट) करण्यासाठी नायक्रोम तार ज्वालकामध्ये तापवून अपेक्षित संवर्धन बशीवर घेण्यात येते. त्यामुळे अनपेक्षित संवर्धनांचे मिश्रण होणे टळते. रुग्णाच्या दूषित वस्तू बांधपट्टी, शरीरातून काढलेले अवयव, सुया जाळून टाकण्याने संसर्ग टळतो. काही बीजाणूंद्वारे पुनरुत्पादन करणारे जीवाणू अतिशय चिवट व उष्णतेस दाद न देणारे आहेत. दररोज एकदा असे तीन दिवस ऑटोक्लेव्ह केल्याने ते नष्ट होतात, याला टिंडलायझेशन म्हणतात. यातसुद्धा कोरड्या उष्णतेचा वापर केला जातो.
रासायनिक निर्जंतुकीकरण: ७०% पेक्षा अधिक संहत अल्कोहॉल, हायड्रोजन पेरॉक्साइड, सोडियम हायपोक्लोराइट, एथिलीन डाय-ऑक्साइड, पॅराअॅसिटिक आम्ल, ग्लुटाराल्डिहाइड अशी अनेक रसायने तंतुप्रकाशीय व इलेक्ट्रॉनीय वस्तूंच्या निर्जंतुकीकरणासाठी वापरण्यात येतात. अशा वस्तू उष्णतेने निकामी होण्याची शक्यता असल्याने त्या निर्जंतुक करताना विशेष काळजी घ्यावी लागते. त्यांची संहती व निर्जंतुकीकरणासाठी लागणारा वेळ यांच्यामध्ये बरीच विविधता आहे.
शस्त्रक्रिया कक्ष नेहमी पूर्ण निर्जंतुक ठेवावे लागते. फॉरमॅलिनाचे ठराविक संहतीचे द्रावण व पोटॅशियम परमँगनेट वापरून त्याची वाफ कक्षामध्ये सोडतात. शस्त्रक्रियेआधी त्वचा आयोडीन द्रावणाने स्वच्छ करतात.
विकिरण पद्धती: या निर्जंतुकीकरण पद्धतीमध्ये अतिनील किरण, इलेक्ट्रॉन शलाका, क्ष-किरण किंवा आणवीय कणांचा वापर आवश्यकतेनुसार करतात. यातील अतिनील किरणांमुळे आयनीकरण होत नाही. पारदर्शक वस्तू व पृष्ठभागावरील जीवाणू विशिष्ट तरंगलांबीच्या अतिनील प्रकाशामध्ये ठेवल्यास निर्जंतुक होतात. शस्त्रक्रिया कक्षातील दिवे, दंतवैद्याजवळील दिवा अतिनील किरणांमुळे पृष्ठभाग निर्जंतुक ठेवतो. जैव घटक सुरक्षित ठेवण्याकरिता काचेच्या कपाटात अतिनील प्रकाश दिवे लावून ते घटक निर्जंतुक ठेवतात. मोठ्या प्रमाणात पिण्याचे पाणी निर्जंतुक करण्यासाठी अतिनील किरण शलाकेचा वापर करतात. ज्या वस्तूमधून दृश्य प्रकाश जातो अशा सर्व वस्तू अतिनील किरण प्रवेशी आहेत. ज्या ठिकाणी अतिनील किरण पोहोचत नाहीत अशा सावलीच्या ठिकाणी जीवाणू वाढतात.
अंत:क्षेपण सुया, आयव्ही सेट, कॅन्युली निर्जंतुक करण्यासाठी गॅमा किरणांचा वापर करण्यात येतो. लहान रुग्णालयात सिझियम (Cs-137) गॅमा किरण स्रोताचा तर औद्योगिक निर्जंतुकीकरणासाठी कोबाल्ट (Co-60) गॅमा किरण स्रोताचा वापर करतात. अन्न टिकविण्यासाठी त्यावर गॅमा किरणांचा ठराविक काळ मारा केल्यास ते दीर्घकाळ टिकते. औषधे, गोळ्या आणि अंत:क्षेपी द्रव निर्जंतुक करण्यासाठी अधिक खोलवर प्रवेश करणाऱ्या क्ष-किरणांचा वापर करण्यात येतो. मोठ्या सरकत्या पट्ट्यावर निर्जंतुक करण्यासाठीच्या वस्तू ठेवून त्यावर क्ष-किरण सोडले जातात. क्ष-किरण किंवा गॅमा किरणांचा मारा केलेल्या वस्तू किरणोत्सारी होत नाहीत. तसेच त्यांच्यामध्ये रासायनिक बदल होत नाही. त्या वापरासाठी सुरक्षित असतात.
वरील पद्धतीने जीवाणू आणि विषाणू नष्ट होतात. जनावरांतील मॅडकाऊ आजार, मेंढ्यांमधील स्क्रेपी व मानवामधील सीजेडी आजार (क्रुझपेल्ड जॅकोब डिसीज) ‘प्रिऑन’ कारकामुळे होतो. प्रिऑन हे एक कारक प्रथिन आहे. प्रिऑन नष्ट करण्यासाठी वेगळ्या परिणामकारक पद्धती विकसित झाल्या आहेत.