फुलातील परागकण त्याच फुलातील किंवा त्याच जातीच्या दुसऱ्या फुलातील जायांगाच्या कुक्षीवर जाऊन पडण्याच्या घटनेला परागण म्हणतात. सर्व आवृतबीजी (सपुष्प) आणि अनावृतबीजी वनस्पतींमध्ये फलन घडून येण्याआधी परागण व्हावे लागते. सायकस, पाइन इत्यादी उघडी बीजे असणाऱ्या (अनावृतबीजी) वनस्पतींमध्ये त्यांच्या शंकूवरील खवल्यावर परागकण जाऊन पडतात आणि खवल्यांवर असलेल्या बीजांडाच्या बीजांडद्वारातून ते आत शिरतात. यालाही परागण म्हणतात.
परागकण हे प्राण्यांच्या शुक्रपेशीप्रमाणे पुं- युग्मक असतात, अशी समजूत आहे; मात्र ती योग्य नाही. प्रत्येक परागकण ही पुं-युग्मकोद्भिद (यातील पेशींमध्ये गुणसूत्रांचा एकेरी संच असतो) असून ती स्त्री-युग्मकोद्भिदाकडे वाहून जाण्यासाठी तिच्यात अनुकूलन घडून आलेले असते. परागण हा वनस्पतींच्या जीवनचक्रातील एक टप्पा आहे. परागणामध्ये परागकण जायांग कुक्षीवर जाऊन पडतात, तेथे ते रुजतात. त्यातून परागनलिका निघून ती बीजांडात शिरते. नंतर परागनलिकेचे टोक फुटून त्यातून दोन पुं-युग्मक मुक्त होतात. त्यांपैकी एक पुं-युग्मक आणि अंड यांचा संयोग होऊन युग्मनज तयार होतो. दुसरे पुं-युग्मक बीजांडातील ध्रुवीय पेशीबरोबर संयोग पावते व ते भ्रूणकोषाचे कार्य करते.
स्वयंपरागण दोन प्रकारे घडून येऊ शकते: (१) स्वयंफलन (ऑटोगॅमी) आणि (२) एकपादप परागण (जीटोनोगॅमी). स्वयंफलन एकाच फुलात घडून येत असून यात परागकण त्याच फुलाच्या जायांगावर पडतात. एकपादप परागण एकाच वनस्पतीच्या दोन वेगवेगळ्या फुलांमध्ये घडून येते. यात एका फुलातील परागकण दुसऱ्या फुलातील जायांगाच्या कुक्षीवर जाऊन पडतात. एकपादप आणि परपरागणात, एका फुलातील परागकण दुसऱ्या फुलात नेण्यास कारकाची गरज लागते. वारा, प्राणी व पाणी अशा कारकांचा यासाठी वापर होतो आणि परपरागणाचे महत्त्वाचे कार्य होते. काही वनस्पतींमध्ये स्वयंफलन होते, त्यांना स्वनिशेष्य म्हणतात. काही वनस्पतींमध्ये स्वयंफलन होत नाही, त्यांना स्ववंध्य म्हणतात.
कारकांनुसार परागणाचे अजैविक किंवा जैविक असे प्रकार केले जातात. अजैविक प्रकारात वारा (वातपरागण) किंवा पाणी (जलपरागण) यांच्यामार्फत परागण घडून येते. जैविक प्रकारात कीटक किंवा अन्य प्राणी (प्राणिपरागण) यांच्या मार्फत परागण होते. वातपरागण ही परागणाची सोपी प्रक्रिया आहे. यात फुलातील परागकण वाऱ्यामार्फत सर्वत्र विखुरले जातात. या परागणात परागकण खूप दूरवर वाहून नेले जातात. मात्र, त्यांपैकी काही मोजके इच्छित ठिकाणी जाऊन पडतात. अशा परिस्थितीत मोठ्या प्रमाणात परागकण सर्वत्र सांडून वाया जातात. साहजिकच, अशा फुलांमध्ये परागकण संख्येने विपुल असतात (उदा., गवत, ओक, लव्हाळे, पाइन). वातपरागणी फुले आकारमानाने लहान परंतु संख्येने अधिक असतात. तसेच रंग, गंध आणि मकरंद इत्यादी गुणधर्म या फुलांत आढळत नाहीत.
जलपरागण या प्रकारात पाण्याद्वारे परागण घडून येते. पाणी हे कारक परागणासाठी सोयीचे नसल्यामुळे बहुधा खडकावर वाढणाऱ्या व बराच काळ पाण्याखाली असणाऱ्या वनस्पती परागणासाठी कोरडा ऋतू पसंत करतात. हायड्रिला, व्हॅलिसेनेरिया इत्यादी वनस्पतींमध्ये जलपरागण घडून येते.
प्राणिपरागणात वातपरागणी फुलांच्या नेमका उलटा प्रकार असतो. विशेषकरून कीटक आणि पक्ष्यांमार्फत हे परागण घडून येते आणि त्यासाठी फुलांमध्ये वेगवेगळे आकर्षक रंग आढळून येतात. रात्रीच्या वेळी सहज दिसावे यासाठी फुलांच्या पाकळ्या पांढऱ्या (उदा., जाई, जुई, मोगरा) असतात. फुले लहान असल्यास त्यांचा मोठा रंगीत फुलोरा (उदा., शिरीष, वर्षावृक्ष, कदंब) आकर्षक होतो. कर्दळ, सोनटक्का यांच्या फुलांतील सर्व भाग आकर्षक दिसतात. काही वेळा फुलांच्या वासांमुळे खासकरून रात्रीच्या वेळी कीटक दुरून आकर्षित होतात (उदा., जाई, रातराणी, तगर, मोगरा). या फुलांचे परागण निशाचर कीटकांद्वारे होते. रंग व गंध यांमुळे आकर्षित झालेल्या प्राण्यांना फुलांतील मकरंद मिळतो. काही वेळा मकरंदाबरोबर किंवा त्याऐवजी परागकण म्हणून हेच अन्न प्राण्यांना उपलब्ध होते. अशा प्रकारे अन्न मिळालेला तो कीटक तशाच रंगाच्या किंवा गंधाच्या फुलाकडे जातो. पहिल्या फुलावर असताना त्यातील परागकण कीटकाच्या वेगवेगळ्या भागांना चिकटलेले असतात. दुसऱ्या फुलावर आल्यावर त्याच्या शरीराला चिकटलेले परागकण त्या फुलाच्या कुक्षीवर पडल्यास परपरागण घडून येते. मधमाश्या, भुंगे, फुलपाखरे इ. कीटकांमा र्फत अशा प्रकारचे परागण घडून येते. पांगारा, पळस, लाल सावर, करंज अशा फुलांमध्ये कावळा, मैना, शिंपी पक्षी, सूर्यपक्षी यांच्यामार्फत परागण घडून येते. उंबरातील परागणही अशाच प्रकारे होते.
प्राणिपरागणी फुलांतील परागकण संख्येने कमी पण आकारमानाने मोठे व खरबरीत असून ते एकमेकांना चिकटून असतात. त्यांचे लहान पुंजके बनतात व ते विखुरले जातात. प्राणिपरागणात मनुष्याचाही सहभाग आहे. इ. स. पू. काळात अनेक शतके ईजिप्त आणि मेसोपोटेमिया येथे खजुरांच्या मादी वृक्षांवर मनुष्य कृत्रिम हस्तपरागण करीत असे. परागणाचे महत्त्व माहीत झाल्यापासून फुलातील परागकण इष्ट त्या वनस्पतीवर टाकून मनुष्याने कृत्रिम संकर घडवून आणून वनस्पतीचे अनेक प्रकार व जाती निर्माण केल्या आहेत. फुलांच्या प्रजननात परागणाला महत्त्व असल्यामुळे फुलांमध्येही अनुकूलन घडून आले आहे. उदा., अळू, अंजीर यांसारख्या वनस्पतींमध्ये फुलांत शिरलेल्या कीटकास बंदिवान करून ठेवता येईल अशी ’कारा’ यंत्रणा आढळते.
स्वयंपरागण प्रक्रियेची काही वैशिष्ट्ये आहेत. यात फुले द्विलिंगी असल्याने कारकाची गरज नसते. शिवाय रंग, गंध, मकरंद व विपुल परागकण या बाबींचीदेखील गरज नसते. त्यामुळे कित्येक फुलांनी स्वयंपरागण चालू ठेवले आहे. स्वयंपरागणाचा मोजक्या फुलांमध्ये घडून येणारा प्रकार म्हणजे ’मुग्धयुग्मन’. ऑक्रिड व तेरडा अशा वनस्पतींची फुले नेहमीच बंद राहतात (मुग्धफुले). मात्र फुले बंद असली तरी त्या फुलांमध्ये असलेल्या रचनेमुळे फलन (मुग्धयुग्मन) घडून येते.
अनेक वनस्पतींमध्ये परपरागण अधिक फायदेशीर असल्याचे अनुभवातून दिसून येते. याचे कारण परपरागापासून बनलेली फळे आणि बीजे संख्येने व आकारामानाने सरस असतात. तसेच बीजांपासून झालेली संतती अधिक विविधता दाखविते आणि त्यामुळे टिकून राहण्याची क्षमताही अधिक असते. अशा फायद्यांमुळे परपरागण घडवून आणण्याकरिता फुलांमध्ये अनेक योजना आढळतात आणि त्या असणे हे त्या वनस्पतीच्या प्रजातीचे किंवा कुलांचे प्रगत लक्षण समजले जाते. (उदा., ऑक्रिडेसी, ग्रॅमिनी, फबेसी इ. कुले). परपरागण हे तत्त्वत: एकाच प्रकारच्या किंवा जातीच्या वेगवेगळ्या वनस्पतींमध्ये घडून येत असले, तरी कधी दोन भिन्न जातींच्या किंवा प्रजातींच्या वनस्पतींमध्येही घडून येऊन ’संकर’ निर्माण होतात. त्यामुळे नवीन लक्षणे असणाऱ्या वनस्पतींची भर पडते.