गोड्या पाण्यात आणि खाऱ्या पाण्यात अनेक प्रकारच्या परिसंस्था असतात. या परिसंस्थांमध्ये वनस्पती व प्राणी यांच्या निरनिराळ्या जाती राहत असतात. पाण्याद्वारे भौतिक परिसंस्थेतील निरनिराळ्या प्रमाणात पोषक द्रव्ये वाहून नेली जातात व जल परिसंस्थांमध्ये निक्षेपित होतात. त्यांचा उपयोग या परिसंस्थांमधील सजीवांना होतो. पाण्याची खोली, स्वच्छता, क्षारता, तापमान, त्यातील प्रकाश, ऑक्सिजनाचे प्रमाण, कार्बनाचे प्रमाण, प्रवाहाचा वेग, पाण्यातील पदार्थ इ. प्राकृतिक वैशिष्टयांनुसार जल परिसंस्थांमधील जैवविविधता अवलंबून असते. गोड्या जल परिसंस्थेचे स्थिर जल परिसंस्था आणि प्रवाही जल परिसंस्था असे दोन वर्ग केले जातात. गोडे जल परिसंस्था आणि खारे जल परिसंस्था यांचे पुढील तक्त्यात दर्शविल्याप्रमाणे प्रकार आणि उपप्रकार केले जातात.
आर्द्रभूमी परिसंस्था ही विशेष परिसंस्था आहे. कारण या परिसंस्थेतील पाण्याची पातळी ऋतूनुसार बदलते. यातील पाणी उथळ असल्याने वनस्पती विपुल वाढतात. मासे, कठीण कवचाचे जलचर तसेच जलपक्षी यांच्या निवासासाठी अशा परिसंस्था आदर्श असतात. सागरी परिसंस्था अधिक क्षारयुक्त असतात, तर मचूळ जलाची क्षारता सागरी जलापेक्षा कमी असते. नद्यांच्या त्रिभुज प्रदेशात मचूळ जल परिसंस्था असतात. यांत खारफुटी वनस्पती विपुल प्रमाणात वाढतात. खारफुटी वन परिसंस्था जैववस्तुमानाच्या दृष्टीने एक महत्त्वाची उत्पादक परिसंस्था मानली जाते. प. बंगालमधील गंगा नदीच्या खोऱ्यातील दलदली प्रदेशातील ‘सुंदरबन’ हे जगातील सर्वांत मोठया क्षेत्रफळाचे खारफुटीचे वन आहे.
अलीकडच्या काळात नद्यांवर धरणे बांधून जलाशयांची निर्मिती केली जाते. या जलाशयांतील पाण्याचा वर्षभर वेगवेगळ्या कारणांसाठी उपयोग व्हावा, हा उद्देश असतो. परंतु त्याचे दु:ष्परिणाम निसर्गातील नदी परिसंस्थांवर होतात. निमशुष्क प्रदेशात जलसिंचनाचा उपयोग शेतीसाठी केला जातो. परंतु त्यामुळे मृदेतील क्षारतेचे प्रमाण वाढते व मृदेच्या पृष्ठभागावर क्षार जमा होतात आणि ती मृदा नापीक होते. वाढती लोकसंख्या, औदयोगिक विकास, नागरीकरणात वाढ इत्यादींमुळे जल प्रदूषणाचे प्रमाण वाढते. परिणामी जल परिसंस्थांमधील सजीवांचे जीवन धोक्यात येते.
जल परिसंस्थांचा शाश्वत उपयोग व्हावा, यासाठी जल प्रदूषण रोखणे आवश्यक आहे. प्रवाही जलाचे रूपांतर स्थिर जलाशयात झाल्यास जलीय परिसंस्थेचे स्वरूप बदलते आणि जैवविविधतेचा ऱ्हास होतो. जल परिसंस्थांचे, विशेषत: आर्द्रभूमीचे, संरक्षण करण्याची अत्यंत गरज आहे. आर्द्रभूमीचा उपयोग अभयारण्ये व राष्ट्रीय उदयाने यांसाठी केल्यास ते जैवविविधतेच्या संधारणासाठी उपयुक्त ठरू शकते.
